Samus Aran, ainsi que d'autres chasseurs de primes sont convoqués par la Fédération Galactique pour une nouvelle mission. Récemment, une nouvelle menace est apparue, les léviathans! Ces léviathians sont des sortes de graines qui contiennent une substance...

Mario se reposait tranquillement avec Luigi dans sa maison, quand ils décidèrent de rendre visite chez la Princesse Peach, quand ils sortirent, un Toad accourant vers eux prévenit que la Princesse avait été enlevé!!! Nos 2 plombiers désignèrent leur coupable...